La Calypso était à l'origine un dragueur de mines à coque en bois construit avec cinq autres bateaux identiques pour la Royal Navy britannique par la Ballard Marine Railway Company de Seattle, Washington, aux États-Unis. Elle était alors une BYMS (British Yard Minesweeper) Mark 1 Class Motor Minesweeper, dont la construction fut décidée le 12 août 1941 avec la désignation BYMS-26. Elle fut lancée le 21 mars 1942 et mise en service dans la Royal Navy en février 1943 comme HMS J-826. On l'affecta au service actif en mer Méditerranée, où un de ses jumeaux explosa. Reclassée comme BYMS-2026 en 1944 elle fut basée à Malte pour être finalement supprimée du Registre Naval en 1947.

Après la Seconde Guerre mondiale elle devint un ferry entre Malte et l'île de Gozo et fut rebaptisée du nom de la nymphe Calypso, dont l'île mythologique d'Ogygia était associée à Gozo.

Le milliardaire irlandais et ancien député Thomas Loel Guinness acheta la Calypso en 1950 et un de ses jumeaux pour la transformer en yacht de luxe. Cependant, il l'a loua à Cousteau pour un franc symbolique par an. Celui-ci la modifia alors à Antibes en un navire d'expédition et de base de soutien pour la plongée, de tournage et de la recherche océanographique. Elle passa ces premières années d'explorations dans les mers Rouge et Méditerranée pour le compte de sociétés privées, car elle était à l'époque le seul bateau océanographique indépendant. Elle transportait alors du matériel de pointe, y compris deux mini-sous-marins développés par Cousteau baptisées "puces de mer sp-500", une soucoupe de plongée "Denise sp-350" et des scooters sous-marins. Le navire fut également équipé d'une chambre d'observation vitré située dans le nez à trois mètres sous la ligne de flottaison, et adaptée pour accueillir du matériel scientifique et une plateforme pour hélicoptère.

Une barge entra accidentellement en collision avec Calypso et la coula dans le port de Singapour en janvier 1996, un an avant la disparition de son célèbre Commandant le 25 juin 1997 qui avait alors écrit : « Je veux que Calypso reste au service de la Science et de l’Éducation ». Elle fut renflouée et convoyée en France en catastrophe. Après avoir passé un certain temps dans le port de Marseille, elle fut remorquée vers le bassin du Musée maritime de La Rochelle le 7 juin 1998, où elle était destinée à accueillir une exposition. Une longue série de mesures juridiques et autres retards a ensuite empêché tout début de travaux de restauration. Elle s'y dégrada pendant 8 ans et devenue une épave!

En novembre 2005 a eu lieu un procès entre The Cousteau Society présidée par Francine Cousteau, seconde et dernière épouse héritière du commandant, et les Campagnes Océanographiques Françaises (dont fait partie Jean-Michel ousteau, fils ainé du commandant et fondateur de Ocean Futures Society en 1999) au sujet de l'héritage du navire qui a été attribuée à The Cousteau Society. Cette dernière a alors annoncé son désir de rénover le célèbre navire aux États-Unis une fois les fonds nécessaires réunis.

En novembre 2004, une rumeur disant que Calypso avait été vendue à Carnival Cruise Lines pour la somme symbolique d'un euro fut lancée. Carnival avait en effet déclaré qu'ils avaient l'intention de restaurer le navire pour un montant de 1,3 millions de dollars, puis probablement de l'envoyer aux Bahamas comme musée navire. The Cousteau Society et l'armateur Carnival corporation & plc avaient alors apparemment signé un accord pour restaurer le navire.

À la fin de 2006, la plupart de l'équipement fut retiré de ses ponts supérieurs, et elle fut laissée ouverte aux éléments et aux squatteurs qui volèrent et dégradèrent le mobilier restant.

Le 11 octobre 2007, après 9 ans d'attente, elle quitte La Rochelle pour être remorquée vers le port de Concarneau afin d'être remise en état complètement. Le 12 octobre, après une navigation dans de très bonnes conditions météorologiques, le convoi arrive en baie de Concarneau et mouille en attendant la marée haute du soir pour rentrer dans le port vers 17h00. Elle a été montée sur la cale (slipway) le 5 novembre, et, le 9 au matin, elle rejoint le hangar des chantiers Piriou où elle va être restaurée.